Метод лікування атером - тільки видалення всієї пухлини разом з капсулою хірургічним шляхом. В жодному міжнародному керівництві інших методів лікування не описано. Зазвичай операцію виконують під місцевим знеболенням (лідокаїном або новокаїном). Існує кілька способів видалення атером, обов'язковим елементом кожного з них є видалення ділянки шкіри, пов'язаного з пухлиною і повне видалення всієї капсули пухлини. Найчастіше атерому видаляють, виконуючи розріз над пухлиною і/або вилущують пухлину без розкриття її просвіту, або витягають капсулу після видалення вмісту пухлини (з метою зменшення розміру шкірного розрізу). Мінімальний розріз, з якого можна видалити атерому 3-4 мм.