Міжрайоний шкірно-венерологічний диспансер 5 заснован рішенням Виконавчого комітету КиївськоЇ міськоЇ Ради депутатів  N1123 від 19.08.1974 та наказом завідувача Київським міським відділом охорони здоров'я N220 від 30.08.1974 року на 80  дерматологічних ліжок та диспансерним відділенням на 300 відвідувань за зміну.
01 серпня 1977 року, рішенням Київської міської Ради депутатів N1044 від 18.07.1977р. та наказом відділу охорони здоров'я виконавчого комітету КиївськоЇ міської Ради депутатів N 390 від 21.07.1977 року, відкрито шкіряне стаціонарне відділення на 100 ліжок. 
Наказом відділа охорони здоров'я виконавчого комітету Київської міської Ради депутатів N 618-К від 22.06.1978 року відкрито жіночий венерологічний стаціонар на 120 ліжок. 
15.05.1980 року, наказом відділу охорони здоров'я виконавчого комітету Київської міської Ради депутатів N 283 від 30.04.1980 року, венерологічний стаціонар реорганізован в жіночий стаціонар закритого типу на 160 ліжок.
01.03.1997 року, наказом головного управління охорони здоров'я міста Києва ліквідоване венерологічне жіноче стаціонарне відділення ШВД N 5, а наказом N 93 від 04.04.1997року ліквідовано спеціалізоване відділення закритого типу.
В другому кварталі 1977 року, наказом відділу охорони здоров'я Київської міської Ради депутатів N 116 від 18.03.1977 року, відкрито централізована міжрайонна серологічна лабораторія в складі ШВД N 5, а наказом N 615 від 25.10.1978 року - централізована міжрайонна бактеріологічна лабораторія.
На теперешній час структура ШВД N 5 складається з амбулаторного відділення, бактеріологічний, серологічний та клініко-діагностичний лабораторій.
Диспансер, був флагманом в системі охорони здоров'я міста Києва, який втілив практику госпрозрахунку та організував денний стаціонар. 
Першим керівником диспансеру з 1974 по 1986 роки була Преснякова Марія Дмитрівна, з 1986 року по теперешній час головним лікарем ШВД N 5 є Таболов Казимір Петрович.
З 07.02.2002 року диспансер має статус юридичної особи. Статут установи затвердженний 27.05.2002 року. З лютого 2013 року входить до складу ТМО " Дерматовенерологія".