В 1936 році для надання медичної допомоги населенню масиву Святошин була відкрита медична амбулаторія, котра знаходилась за адресою Брест-Литовське шосе,161.
З 1945 року - це поліклініка №13 м. Києва, яка була об’єднана з відбудованим стаціонаром, котрий 25 січня 1959 року по вул. Івана Крамського, 21 був введений в дію під назвою «Святошинська лікарня», із загальним ліжковим фондом на 250 ліжок для хворих на грип (наказ Київського міського здороввідділу №28 від 21 січня 1959 року).
З 1-го квітня 1959 року Святошинська лікарня, згідно наказу Київського міського здороввідділу №168, перейменована в 3-ю районну лікарню Жовтневого району м. Києва.
До складу лікарні ввійшли: поліклініка та стаціонар на 200 ліжок, в тому числі:
- терапевтичне відділення на 70 ліжок;
- хірургічне відділення на 50 ліжок;
- гінекологічне відділення на 40 ліжок.
З 1-го січня 1970 року 3-я районна лікарня Жовтневого району перейменована в лікарню №5 Жовтневого району.
З 1971 року лікарня №5 Жовтневого району була перепрофільована в лікарню №5 (інфекційну) для хворих з гострими кишковими інфекціями м. Києва. В зв’язку з цим були закриті терапевтичне, хірургічне, гінекологічне та дитяче відділення і відкриті 4 інфекційні відділення на 250 ліжок, в тому числі 40 ліжок для лікування дитячих інфекційних хвороб.
З 1 січня 1979 року медико-санітарна частина Київського авіаційного виробничого об'єднання (КиАВО), як структурний підрозділ лікарні №5 (інфекційної) відокремилася і стала самостійною медичною структурою в приміщенні житлового будинку по вул. Кулібіна, 4/2.
У вересні 1982 року в зв’язку введенням в експлуатацію нової будівлі лікарні по вул. Відпочинку, 11, лікарня була перейменована на лікарню №26 авіаційних підприємств КиАВО та Київського механічного заводу (КМЗ) .
До складу лікарні ввійшли:
- поліклініка, яка обслуговувала працівників підприємств авіаційної промисловості (КиАВО, КМЗ) і 15 тис. прикріпленого населення Ленінградського району (близько прилеглі вулиці), та стаціонару на 240 ліжок.
З лютого 1988 року лікарня №5 (інфекційна) ввійшла до складу Центральної районної лікарні Ленінградського району м. Києва, як інфекційний стаціонар. В 1990 році Центральна районна лікарня Ленінградського району м. Києва реорганізована в Ленінградське районне медичне об’єднання м. Києва.
1 січня 1997 року лікарня №26 МСЧ КиАВО ліквідована, як юридична особа та прийнята на баланс Ленінградського районного медичного об’єднання та стаціонар лікарні іменується, як соматичний стаціонар.
В 1998 році Ленінградське районне медичне об’єднання м. Києва реорганізовано в Територіальне медичне об’єднання Ленінградського району м. Києва у складі з клінічною лікарнею №5 до якої ввійшли інфекційний та соматичний стаціонари.
З 01.01.1999 року реорганізована в Київську міську клінічну лікарню №5, як самостійний лікувальний заклад міста Києва.
За минулі роки головними лікарями закладу були:
з 1959 р. по 1973 р. - Гусаров Павло Терентійович;
з 1973 р. по 1983 р. - Паламарчук Євген Семенович;
з 1983 р. по 1988 р. - Степнова Валентина Олександрівна;
з 1988 р. по 1996 р. - Макомела Роман Миколайович;
з 1979 р. по 1997 р. - Василюк Лариса Михайлівна (головний лікар лікарні №26 МСЧ КиАВО);
з 1996 р. по 1999 р. - Подковська Данута Федорівна;
з 1999 р. по 2003 р. - Юрченко Володимир Дмитрович;
з 2003 р. по 2018 р. - Юченко Олександр Володимирович.
З 15 листопада 2018 року Київську міську клінічну лікарню №5 очолює головний лікар Казека Віталій Григорович.
Заклад має відповідні дозвільні документи для здійснення медичної діяльності, у т.ч. для надання платних послуг:
- ліцензія Міністерства охорони здоров’я України на медичну практику (серія АГ, №570001)
- ліцензія Державної служби з контролю за наркотиками (серія АЕ 575739)
- акредитаційний сертифікат на вищу категорію (серія ДОЗ №00143)
Основний зміст діяльності лікарні полягає у наданні медичної допомоги населенню відповідно до профілю наявного ліжкового фонду (315 ліжок).
спеціалізований профіль – 135 ліжок, у тому числі:
- 60 неврологічних ліжок
- 75 інфекційних ліжок, у тому числі: 45 ліжок для ВІЛ-інфікованих (у т.ч. 4 хоспісних ліжка), 30 ліжок для хворих на вірусний гепатит
терапевтичний профіль – 140 ліжок, у тому числі:
- 70 загально-терапевтичних ліжок
- 70 кардіологічних ліжок, у тому числі: 40 кардіологічних ліжок, 30 інфарктних ліжок
хірургічний профіль – 40 ліжок, у тому числі:
- 20 ліжок загальних хірургічних
- 20 ліжок гнійної хірургії
На базі лікарні функціонують три лікувальні центри: Київський міський центр профілактики та боротьби зі СНІДом (http://kmcs.org.ua/), Міський центр профпатології м. Києва (http://mcpp.org.ua/) та Український центр хірургічного лікування гриж живота (http://hernia.org.ua/).
Заклад є клінічною базою п’яти кафедр Національної медичної академії післядипломної освіти ім. П.Л.Шупика (кафедра клініко-лабораторної діагностики; кафедра вірусології; кафедра хірургії та проктології; кафедра медицини праці, психофізіології та медичної екології; кафедра дитячих інфекційних хвороб та дитячої імунології) та двох кафедр Національного медичного університету ім.О.О.Богомольця (кафедра професійних хвороб та кафедра дерматовенерології).