Інфекційне-боксоване відділення:
Інфекційно-боксоване відділення розташоване на першому поверсі лікарні і складається із 16 боксів, розраховано на 50 ліжок. Призначене для лікування хворих на повітряно-крапельні інфекції; паротит, скарлатина, кашлюк, вітряна віспа, краснуха, герпетична інфекція, грип, група гострих респіраторних захворювань, цитамегаловірусна інфекція, кір, ангіни, трансмісивні інфекційні хвороби, бореліоз, малярія, токсоплазмоз, лімфоретикульоз. Це єдине відділення у м. Києві для обстеження та лікування хворих на дифтерію, вітряну віспу, кашлюк, SARS, чуму, холеру та інші особливо небезпечні інфекції. Відділення є дозорним центром щодо виявлення випадків тяжкого гострого респіраторного захворювання (ТГРЗ) та грипоподібного захворювання (ГПЗ), пташиного грипу у дітей.

Відділення для лікування хворих з інфекційними ураженнями нервової системи:
Розташоване на другому поверсі лікарні і складається із 9 палат, серед них 6 напівбокси, розраховане на 35 ліжок. Відділення приймає хворих з нейроінфекціями (гнійні та серозні менінгіти, туберкульозні менінгіти, енцефаліти різної етіології, поліомієліти та хворі з підозрою на них), а також важки форми респіраторних інфекцій, ускладнених з боку нервової системи (судомний, менінгіальний синдроми, енцефалічна реакція та інші). Відділення є дозорним центром по нагляду за бактеріальними менінгітами та рентгенологічно підтвердженими пневмоніями в період впровадження імунізації про ХІБ-інфекції та визначено базовою установою для лікування хворих з гострими в’ялими паралічами, підозрою на поліомієліт та ентеровірусні інфекції.

Інфекційне відділення небоксоване:
Розташоване на 3 поверсі лікарні, складається із 6 палат з них 2 напівбокси, розраховане на 35 ліжок. Відділення приймає хворих на вірусні гепатити як гострі так і хронічні. В подальшому даний контингент знаходиться на амбулаторному диспансерному нагляді сумісно із співробітниками кафедри дитячих інфекційних хвороб НМУ. По епідемічним показникам відділення може бути перепрофільоване для прийому хворих з кишковою та нейроінфекцією, гострими респіраторними та TORCH-інфекціями. Виконує функціонально-діагностичні функції у дітей з ураженням гепато-біліарної системи.

Відділення інтенсивної терапії та анестезіології (ІТА):
Розташоване на 2 поверсі лікарні, складається з 6 палат, розраховане на 6 ліжок. Відділення надає допомогу найбільш тяжкому контингенту інфекційних хворих дитячого віку (від періоду новонародженості до 18 років), в тому числі хворим на ВІЛ/СНІД та хворим на сухоти.

Відділення клініко-діагностичної лабораторії (КДЛ):
Розташоване на 3 поверсі лікарні проводить широкий спектр лабораторних досліджень з використанням фотометричних, фонометричних, імунологічних та хроматографічних аналізів для виконання термінових і планових досліджень. В КДЛ функціонують 6 підрозділів за слідуючими видами досліджень:
- загально-клінічний
- гематологічний
- біохімічний
- імунологічний
- бактеріологічний.