У 1913 році на вулиці Рейтерській, 22 відбулася закладка триповерхової будівлі Товариства швидкої допомоги. У 1914 будівництво завершилося і відразу ж в ньому почав діяти військовий шпиталь на 360 поранених.

За часів Гетьманату частину будинку займало вперше створене тодішнім урядом Міністерство народного здоров’я й опікування України.

1953 року відкриті терапевтичне відділення, яке очолив д.м.н., професор Є.І.Ліхтенштейн і хірургічне відділення, що стало базою торакальної хірургії Інституту вдосконалення лікарів під керівництвом д.м.н., професора М.М.Амосова.

В 1955 році організовані відділення невідкладної терапії, неврологічне, ЛОР, гінекологічне відділення та друге терапевтичне відділення.

В різні роки в лікарні працювали видатні вчені: д.м.н., професор О.М.Авілова, д.м.н., професор І.П.Лернер, д.м.н., професор Г.А.Даштаянц, д.м.н., професор Є.В.Андрущенко, д.м.н., професор І.П.Дєдков.

Засновником ендокринної хірургії в Україні був д.м.н., професор, заслужений діяч науки А.К.Горчаков. Його послідовником є Заслужений лікар України, Лауреат Державної премії А.П.Степаненко, який до 2005 року оперував хворих з патологією щитоподібної залози в Центрі.

В 1993 році за ініціативи Миколи Васильовича Гульчія було створено Центр хірургії та реабілітації хворих з патологією щитоподібної залози, який він очолив.

01.10.2007 року Рішенням Київської міської Ради V сесії V скликання №362/3196 створений Київський міський клінічний ендокринологічний центр.

У лютому 2020 р в рамках реформування системи охорони здоров’я КМКЕЦ перетворено у Комунальне некомерційне підприємство "Київський міський клінічний ендокринологічний центр" виконавчого органу Київської міської ради (Київської міської державної адміністрації) (КНП «КМКЕЦ»).

На сьогодні КНП “КМКЕЦ”  є одним з провідних закладів в системі охорони здоров’я України, який надає комплексну доступну своєчасну висококваліфіковану допомогу населенню з ендокринною патологією в умовах стаціонару та амбулаторно.

 Є навчальною і науковою базою Національного державного медичного університету ім. О.О.Богомольця та Національної медичної академії післядипломної освіти ім.П.Л.Шупика,.

КНП «КМКЕЦ»  розвиває такі напрямки ендокринологічної  служби:

Ендокринологію – діагностика та лікування хворих на  цукровий діабет, нецукровий діабет, захворювання гіпофіза, захворювання гіпоталамуса, зокрема, гіпоталамічний синдром, з порушенням обміну речовин, зокрема, метаболічний синдром, ожиріння дисліпідемії, з вторинними ураженнями серцево-судинної системи при ендокринних захворюваннях, профілактику ендокринних захворювань; профілактику та лікування «діабетичної стопи».

 Ендокринну хірургію – генетичні та епідеміологічні аспекти раку щитоподібної залози, діагностику та лікування захворювань щитоподібної та прищотоподібних залоз,діагностику та лікування первинного, вторинного , третинного гіперпаратиреозу, діагностику і лукування ендокринного остеопорозу, діагностику та лікування тиреотоксикозу.

Ендокринну гінекологію - лікування і діагностику дисгормональних розладів репродуктивної системи у жінок та захворювань молочних залоз.

КНП “КМКЕЦ” реалізує поставлені перед закладом цілі за принципом поєднання ефективного менеджменту керівництва, колективу кваліфікованих фахівців та застосування в лікувальному процесі передових технологій, концентрації ресурсів закладу на першочергових напрямах діяльності КНП “КМКЕЦ” для досягнення найкращих результатів.

Основні функції Центру  :

  - надає консультативну допомогу хворим ендокринного профілю, зокрема важких в діагностичному плані випадках, в разі неефективності терапії, що призначається хворим за місцем проживання. Здійснює консультації хворих як в умовах консультативної поліклініки Центру, так і виїзні.

-  проводить комплексне обстеження хворих із застосуванням сучасних лабораторних, ультразвукових, функціональних, інструментальних методів дослідження;

-  надає планову консервативну та хірургічну медичну допомогу пацієнтам з ендокринною патологією у поєднанні з іншими захворюваннями.

- проводить наукові дослідження в галузі ендокринології та висвітлює проблеми, пов’язані з поширенням ендокринної патології у населення, готує інструктивні, методичні матеріали щодо впровадження у практику роботу ЛПЗ міста Києва результатів наукових розробок.

- проводить науково – практичні  конференції,  що спрямовані на підвищення професійного рівня лікарів ендокринологів та молодших спеціалістів з медичною освітою.

       На сьогодні КНП «КМКЕЦ» є закладом, що надає висококваліфіковану спеціалізовану медичну допомогу, забезпечує амбулаторне та стаціонарне обслуговування міста Києва та інших регіонів України.