У центрі проводяться всі види гінекологічних оперативних втручань, при проведенні яких віддають перевагу високотехнологічним, малотравматичним органозберігаючим операціям з використанням сучасної апаратури, нових методик і технологій. Так, на рік проводиться близько 3500 тис. гінекологічних операцій, з них великих порожниних операцій близько 500. Більш 150 оперативних втручань проводиться лапароскопічним шляхом. Особлива увага надається проведенню малих оперативних втручань для діагностики патології ендометрію за допомогою гістероскопії (близько 200 операцій на рік). Акушерське відділення центру - єдине спеціалізоване відділення, яке надає медичну допомогу вагітним з інфекційною патологією, в тому числі, ВІЛ-інфекцією. На рік відбуваються біля 1000 пологів на рік. В центрі працює відділення інтенсивної терапії новонароджених, в якому щорічно проходить лікування близько 10% новонароджених, оскільки саме у жінок з інфекційною патологією часто відбуваються передчасні пологи і народжуються глибоко недоношені діти.
В жіночу консультацію звертаються на прийом близько 10 000 жінок за рік, з них біля 1000 вагітних. В структурі КМЦРПМ працює відділення репродуктології та ендокриної та гвнекології, на базі якого проводиться програма лікування безпліддя шляхом ДРТ за бюджетні кошти. В центрі працює відділення пренатальної діагностики, де проводиться спеціалізований прийом вагітних зі всього міста. Київський міський центр репродуктивної та перинатальної медицини є клінічною і науковою базою кафедри акушерства, гінекології та репродуктології УДІР НМАПО імені П. Л. Шупика.